Sejarah berdirinya Lapas Klas II A Yogyakarta tidak begitu saja diketahui dengan 
    pasti kapan berdirinya. Karena arsip-arsip yang menyatakan kapan dibangunnya lapas 
    tidak ada yang mengetahui. Dan menurut penuturan petugas lapas yang sudah purna 
    tugas bahwa lapas Yogyakarta didirikan antara tahun 1910 sampai 1915.
      Nama lapas Yogyakarta telah mengalami berkali-kali ganti nama sebagai berikut :
      1.Gevangenis En huis Van Devaring (Zaman Belanda)
      2.Penjara Yogyakarta
      3.Kepenjaraan daerah Yogyakarta
      4.Kantor Direktorat Jendral Bina Luna Warga
      5.Lembaga Pemasyarakatan Klas I Yogyakarta
      6.Lembaga Pemasyarakatan Klas II A Yogyakarta
                           
           VISI, MISI DAN TUJUAN
                1.  VISI
                           Memulihkan kesatuan hidup, kehidupan dan penghidupan Warga Binaan 
                    Pemasyarakatan sebagai individu, anggota masyarakat dan makhluk Tuhan 
                    YME (Membangun manusia Mandiri)
                2.  MISI
                           Melaksanakan perawatan tahanan, pembinaan dan pembimbingan Warga 
                    Binaan Pemasyarakatan.
                3.  TUJUAN
                      a. Membentuk warga binaan pemasyarakatan agar menjadi manusia seutuhnya, 
                    menyadari  kesalahan,  memperbaiki  diri  dan  tidak  mengulangi  tindak 
                    pidana sehingga dapat diterima kembali oleh lingkungan masyarakat, dapat 
                    berperan aktif dalam pembangunan dan dapat hidup secara wajar sebagai 
                    warga yang baik dan bertanggung jawab.
                      b.  Memberikan jaminan perlindungan hak asasi tahanan yang ditahan di 
                    Rumah Tahanan Negara dan Cabang Rumah Tahanan dalam rangka 
                    memperlancar proses penyelidikan, penuntutan dan pemeriksaan di sidang 
                    Pengadilan.    
                            SASARAN
    1. Sasaran pembinaan dan pembimbingan WBP adalah 
        meningkatkan  kualitas  WBP  yang  pada  awalnya 
        sebagai  atau  seluruhnya  dalam  kendala  kurang 
        yaitu :  
           a. Kualitas ketaqwaan kepada tuhan Yang
               Maha esa.
           b. Kualitas intelektual
           c. Kualitas sekap dan perilaku
           d. Kualitas profesionalisme/keterampilan
           e. Kualitas kesehatan jasmani dan rohani
                                  
             2.  Sasaran  pelaksanaan  Sistem  Pemasyarakatan 
                 pada dasarnya juga merupakan situasi/kondisi 
                 yang memungkinkan bagi terwujudnya tujuan 
                 pemasyarakatan yang merupakan bagian dari 
                 upaya  peningkatan  ketahanan  sosial  dan 
                 ketahanan nasional. Sedangkan indikator yang 
                 digunakan untuk mengukur hasil yang dicapai 
                 dalam  pelaksanaan  sistem  pemasyarakatan 
                 sebagai berikut :
                                    
      •  Isi Lembaga Pemasyarakatan lebih rendah dari pada kapasitas.
      •  Menurunkan  secara  bertahab  dari  tahun  ketahun  angka 
         pelarian dan gangguan kamtib.
      •  Meningkatkan secara bertahab jumlah Narapidana yang bebas 
         sebelum waktunya melalui proses asimilasi dan integrasi.
      •  Semakin menurunnya dari tahun ketahun angka residivis.
      •  Semakin meningkatnyanya jenis-jenis institusi sesuai dengan 
         kebutuhan berbagai jenis/golongan Narapidana.