«Нет сомнений в том, что за 
  математическим моделированием 
  в фармакологии - большое 
  будущее»
   Компьютерные модели помогают 
     создавать новые препараты/ 
         Российская газета.
        Молекулярный докинг
       Молекулярный докинг  — это 
  метод молекулярного 
  моделирования, который 
  позволяет предсказать наиболее 
  выгодную для образования 
  устойчивого комплекса 
  ориентацию и положение одной 
  молекулы по отношению к другой.
                   Основные игроки на рынке докинг программ
     № п/п           Программы                  Разработчик             Бесплатно       Платно, дол.
        1              AutoDock               The Scripps Research          ДА                -
                                          Institute и Olson Laboratory
        2                FlexX                BioSolveIT GmbH               ДА                -
        3                Dock           Dept. of Chemistry & Chemical       ДА                -
                                          Biology Rutgers University  
        4               Surflex               BioPharmics LLC               ДА                -
        5                Fred          OpenEye Scientific Software Inc.     ДА                -
        6                Gold              The Cambridge Structural         ДА                -
                                               Database (CSD)
        7                3DPL                At ChemNavigator®              ДА                -
        8             Lead Finder                  MolTech                   -              497 $
        9       Molegro Virtual Docker             CLC bio                  ДА                -
       10              ICM Pro                  Molsoft L.L.C.              ДА                -
                                          Научно-исследовательский 
       11             DockSearch          институт биомедицинской           ДА                -
                                        химии имени В.Н. Ореховича
       12             HADDOCK          Computational Structural Biology     ДА                -
                                                    group
           Наиболее популярные докинг программы
  DOCK
  Используется алгоритм соответствия 
   молекулярной формы, в версии 3.5 — жесткий 
   докинг, начиная с версии 4.0 — лиганд гибкий, 
   адаптированная для поиска лигандов в базах 
   данных.
  GOLD
  Используется генетический алгоритм, лиганд 
   гибкий.
  FLEXX
  Лиганд гибкий, есть возможность учета 
   подвижности боковых радикалов 
   аминокислотных остатков.
  FRED
  Жесткий докинг, но есть возможность 
   генерации, отбора и использования 
   конформеров. Очень быстрый.
  AUTODOCK
  Используется генетический алгоритм, лиганд 
   гибкий.
        Соотношение количества отечественных и зарубежных 
                            докинг программ.
                                                 94.87%
                   5.13%